HI:
相關情況回覆如下:
1.大陸的工廠，是做進料加工，這點我其實不是很確定，因為我只知道公司可以內銷也可以出口。是不是這樣就是進料加工？
A.根據您敘述, 是的.

2.我們工廠在開會檢討去年08年時，有提到當時如果出貨時是走物流園，可以節省很多補稅的動作，好像可以節省快90幾萬RMB。
A.根據   中華人民共和國海關對加工貿易貨物監管辦法（2004年2月26日海關總署令第113號發佈自2004年4月1日起施行）
   第三十四條加工貿易保稅進口料件或者成品因故轉為內銷的，海關憑主管部門准予內銷的有效批准檔，對保稅進口料件依法徵收稅款並加征緩稅利息；進口料件屬於國家對進口有限制性規定的，經營企業還應當向海關提交進口許可證件。 

您的清況, 應先還原到當初進口料件時是否有交過稅.
如果已交過稅, 內銷, 是要開增值稅發票. 是抵稅不是補稅.
外銷, 是可以退稅的.
如果是保稅進口, 內銷, 要補稅(第34條).
外銷, 進口料件不退稅, 內購料件有增值發票的可以退稅.

按您所述, 比較像進口保稅料件加工後 內銷, 因此要 "補稅".
如果改採先出口到物流園, 再賣給客戶, 只要有一問題存在,您就不能考慮物流園:
A.買方是否具備進口商資格及可以提供有效進口文件的能力.
B.買賣之間是否存在 H.S.CODE 問題.
C.買賣之間金流是否存在問題.
D.該物品是否允許進出物流園.

3.請問這樣轉廠，是不是因為貨沒有進物流園，所以才要補這麼多稅？
A.轉廠, 不需課稅的.
   深加工結轉，是指加工貿易企業將保稅進口料件加工的產品轉至另一加工貿易企業進一步加工後複出口的經營活動。
 
總結您相關問題:
1.進口到大陸銷售的商品, 本來就應該要課稅. 不管您是進口成品或是進口料件加工後內銷.
   因此, 貴工司不應將這類行為解釋為 "補稅". 充其量只能說是 "晚一點交稅" 而已. 也就是因為 "晚一點" 交稅, 所以海關要再加收 "緩征利息".
   中华人民共和国海关总署公告2009年第13号
   应征缓税利息=应征税额计息期限缓税利息率／360
   加工贸易保税货物内销征收缓税利息适用的利息率暂由参照一年期贷款基准利率调整为参照中国人民银行公布的活期存款利率（以下简称“活期存款利率”）执行。

2.先出口到物流園再進口到大陸, 與先出口到香港或境外, 再進口到大陸, 對您大陸廠而言, 已課稅的部份可以退稅, 保稅的部份是不能退稅的.

3.要執行 2. 應先看買方有沒有資格.

以上, 希望可以幫上忙, 如果不清楚, 我在上海, 請透過 YAHOO 來信討論.

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